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虚拟筛选涉及的小分子数据库
浏览: 发布日期:2019-11-08
药物设计和虚拟筛选依赖化学信息学和生物信息学中大量的靶点、小分子以及靶点-小分子相互作用星系。从大量的有机化合物中有效地遴选出可能有候选化合物,避免了对化合物盲目地活性筛选,从而降低了发现活性先导化合物的人力、时间和财力成本。本文简单介绍一些药物设计和虚拟筛选设计的分子库。
 
常用平台数据库
 
1)筛选化合物库分类:多样性化合物库、上市药物分子库、已知活性库、靶点化合物库、天然产物库、片段库、PPI库等不同分类的化合物库。
 
2)常用平台化合物库:Asinex、BIONET、Chembridge 、Chemdiv、eMolecules、Enamine、Infarmatik、Lifechemicals、Maybridge、Selleck、Specs、Targetmol、Vitas等;
 
3)常用平台化合物库介绍
 
A.   Asinex:提供各种分类的分子库,可以下载2D结构SDF格式分子库处理之后进行筛选。
 
B.   BIONET:提供各种化学中间体产品以及各种筛选库,网站注册后提供2D结构SDF分子库文件下载。
 
C.   ChemBridge:拥有超过100万种小分子,提供2D结构SDF分子库文件下载,可以自己下载处理后进行筛选。
 
D.   ChemDiv:全球最大的化合物库供应商,客户分布在六大洲。超过1500个单位,来自于知名的制药,生物技术、农业公司和许多著名大学等。针对多重筛选计划,提供药筛库的建立、仓储、管理及IT支持、标准格式等多层次的服务和咨询建议。包括计算分析和专业评估潜在的生物活性,ADME /TOX参数,结构的多样性,新颖性以及先导物/药物的类似性。注册之后提供相关库2D结构SDF分子库文件下载。
 
E.   eMolecules:免费提供化合物库2D结构SDF分子库文件下载。
 
F.    Enamine:1000万以上相关化合物,多样性也不错;包括各种靶点库、片段库和多样性库等。大多数库能够免费下载2D结构SDF格式分子库文件,部分需要索取。
 
G.   LifeChemicals:分子库,需要注册后才能下载。几十万种分子,分子质量可以;
 
H.   MayBridge:提供GPCR、离子通道、激酶、片段和PPI库下载,分子库质量可以,推荐。
 
I.    Specs:20多万种分子,价格最便宜,最早进入中国市场,已经被各大研究单位无数次的反复筛选过,手头有Specs化合物库的人很多。
 

 

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